Tercer hijo de Juan José Mina Espoz y de María Andrés Larrea, familia de labradores acomodados de Otano, pequeña población situada en la falda norte de la sierra de Aláiz, en las proximidades de Monreal e Idocin. Al cumplir 11 años sus padres lo enviaron a estudiar a Pamplona donde vivió con sus tíos Clemente y Simona Espoz.

Estudió latín, matemáticas y humanidades en el Seminario de Pamplona, y pronto hizo amistad con el coronel retirado Juan Carlos de Aréizaga, quien mantenía una tertulia de jóvenes a los que aconsejaba y daba su interpretación de la marcha de las guerras europeas. Cuando llegó a la edad de 18 años se trasladó a Zaragoza donde se inscribió en la Universidad e inició los estudios de Derecho. El 23 de marzo de 1808, cuando llegaron a la ciudad las primeras noticias del motín de Aranjuez dirigió una revuelta estudiantil, que acabó con la quema del retrato del valido Manuel de Godoy en la plaza del Coso. Coincidiendo con los sucesos del 2 de mayo en Madrid y el cambio de monarquía, regresó a Pamplona y de acuerdo con el coronel Aréizaga pasó a formar parte de la resistencia antifrancesa, realizando algunas acciones de espionaje en la vertiente norte de los Pirineos. En noviembre de 1808, y en calidad de ayudante del coronel, se trasladaron ámbos a la ciudad de Zaragoza para ponerse al servicio de José de Palafox y Melci ante el anunciado segundo asedio francés. Terminado el segundo Sitio de Zaragoza se retiraron a Tortosa donde el general Joaquín Blake encargó a Aréizaga el mando de las fuerzas de infantería del Ejército de la Derecha, dispuesto para liberar Zaragoza. Xavier Mina sirvió a las órdenes de Areízaga, ascendido a general, hasta el verano de 1809, cuando obedeciendo las instrucciones de los generales Blake y Aréizaga, regresó a Navarra para hacerse cargo del Corso Terrestre de Navarra, que inició sus acciones guerrilleras en el bosque del Carrascal en agosto de 1809